伯尔尼大学创建历史可以追溯到十六世纪早期建立的神学院，当时建校的目的是为宗教改革培养清教徒牧师。学校在建校时拥有3位教授，到十七世纪末拥有6位教授。到十八世纪学校在人文和神学领域一直处于统治地位。在启蒙运动开始之初，建立起了法学和数学教育。1805年伯尔尼政府改革整个高等教育体系，学校从原先的神学院扩展为拥有四个系的大学院，至此学校不仅培养牧师同时为社会输送律师和医师(包括内科学和兽医学)，其中哲学系(包括人文和自然科学)为其他三个系提供基础教育。

对于来伯尔尼大学就读的中国留学生要满足以下条件：

拥有中国高中毕业证;

取得高考满分750分中的550分或600分中的450分;

已取得中国所报考大学专业的录取通知书;

如没有中国所报考大学专业的录取通知书，则必须通过弗里堡大学预科班的《持外国文凭学生的大学录取考试》。